Что такое Freeduino?
Freeduino - программируемая через USB порт микро-ЭВМ, в которую можно загрузить любую программу и получить компактное автономное микропроцессорное устройство с заложенным в него Вашими функциями. 
Freeduino - совместимая с Arduino открытая платформа, популярная во всем мире, и наиболее известная именно под именем Arduino.

Возможности платформы не ограничены имеющейся «на борту» периферией – существуют модули, добавляющие к Freeduino новые функции и интерфейсы, такие, например, как модуль Ethernet

Области применения
Freeduino можно использовать практически по всех областях электроники, где требуется управление системой по заданному алгоритму с возможностью реагирования на внешние сигналы. 
С помощью Freeduino Вы можете легко изготовить системы управления различных электронных устройств: светомузыка; сигнализация; шаговый двигатель; жидкокристаллическая панель, возможно применение в измерении физических величин совместно с датчиками уровня, движения, веса и многое другое.

Чем отличается Freeduino от Arduino?
Если отвечать коротко, то ничем. 
Электрические схемы микроконтроллеров Arduino и Freeduino не имеют никаких принципиальных различий, и устройства 100% совместимы друг с другом. Несмотря на то, что весь проект Arduino (включая среду разработки, компилятор, прошивки загрузчика, электрическую схему и прочее) является открытым, есть ограничение на использование названия Arduino. Поэтому энтузиасты и организовали проект Freeduino. 

Здесь, можно ознакомиться с более подробным описанием микроконтроллеров.